[MAJ] – La cartographie des entrepôts des données de santé, version 2025

La cartographie des entrepôts de données de santé (EDS) rend plus compréhensible l’écosystème de la recherche sur les données de santé en France, à travers le recensement et la position géographique des acteurs mettant en place ces EDS. Publiée en octobre 2024, elle a fait l’objet d’une mise à jour (jusqu'au 1er septembre 2025). Le LINC en présente les changements majeurs dans cet article.

Retrouvez la cartographie des Entrepôts de données de santé :

• La carte des EDS et des réseaux ;
• Les définitions, l’objectif de la cartographie, le cadre juridique et le panorama des EDS en France ;
• La méthodologie, les ressources et le glossaire ;
• Et l’adresse contact pour nous signaler des modifications ou de nouveaux EDS à prendre en compte. 
• L’article précédent sur la situation des EDS en France en 2024 : Un nouvel E(D)Spoir ? Les dynamiques à l’œuvre dans le développement des entrepôts de données de santé en France.

Une mise à jour de la base de données

Pour comprendre le vocabulaire et les différentes typologies décrites dans cette partie, vous pouvez consulter notre dossier « Qu’est-ce qu’un EDS ? »

Sur le fond, la base de données a été enrichie par les nouvelles autorisations et les nouvelles déclarations de conformité au référentiel EDS. En presqu’un an, nous pouvons dénombrer 26 nouvelles entrées, dont 11 nouvelles autorisations, 13 nouvelles déclarations, l’ajout d’un entrepôt basé sur le consentement des personnes concernées et une correction. Nous avons également retiré un projet mal référencé comme entrepôt, ce qui fait qu’entre les deux publications nous passons de 100 à 125 entrepôts.

Pour l’EDS fondé sur le consentement, il s'agit de la base ComPaRe de l’Assistance publique – Hôpitaux de Paris (AP-HP), dont le projet est la réutilisation de données de patients volontaires (recueillies via une plateforme collaborative), co-porté par l’Université Paris Cité. De manière générale, nous pouvons voir un certain infléchissement dans la progression de la création des EDS en France : l’année 2024 avait vu 31 nouveaux entrepôts, contre 14 pour l’année 2025 (chiffres au 1er septembre). Un seul nouveau réseau a été ajouté, le réseau EDS@NOVA, qui regroupe les CHU de Bordeaux, Limoges et Poitiers.

Concernant les types des nouveaux entrepôts, nous avons recensé 9 entrepôts d’établissements de soin ; 16 entrepôts thématiques ; pas de nouveaux entrepôts fondés sur la fourniture de solutions logicielles. La répartition se maintient également : sur les 26 entrepôts supplémentaires, 5 acteurs relèvent du secteur public (essentiellement des centres hospitaliers) ; 6 sont des acteurs privés à but non lucratif (associations, mutuelles, etc.) ; et 3 privés (entreprises). Ainsi, de plus en plus d’acteurs gèrent plusieurs entrepôts.

Géographiquement, on peut noter qu’il y a globalement une densification des EDS sur l’ensemble du territoire. D’abord par une densification à l’est, avec l’EDS du CHR de Metz-Thionville, deux nouveaux entrepôts à Dijon ; mais également du quart sud-ouest (Poitiers, dont deux nouveaux EDS), un EDS à Limoges, à Toulouse… De manière générale, les grandes villes comme Paris ou Lyon profitent du développement des EDS (+10 en région parisienne, +3 dans la région lyonnaise).

Extrait des tableaux récapitulatifs de l'évolution des EDS en France par année et type, de 2017 à septembre 2025. 

Une mise à jour plus technique : changement de service de cartographie et de fond de carte

Le fond de carte présenté sur le site est un élément technique à part entière, incluant des fonctions natives comme le zoom ou le « clique et glisse ». Des librairies existent pour gérer ces fonctions et permettre de mieux les intégrer dans le code.

Mapbox

Dans la première version de cette cartographie, nous avions choisi la librairie Mapbox (entreprise américaine établie à San Francisco), outil particulièrement utilisé et fortement présent dans la documentation en ligne. Un avantage pour aller vite, mais un inconvénient majeur puisque dans la version gratuite, les serveurs Mapbox ne supportent qu’un nombre limité de connexion par mois.

De plus, une fois la cartographie développée et stable, il a paru opportun de faire cette mise à jour technique vers des solutions ouvertes et libres, permettant notamment de stocker localement les ressources (à l’instar du fond de carte), sans devoir les « appeler » sur des sources extérieures.

MapLibre

MapLibre propose d’ouvrir la cartographie aussi bien en termes de choix de fond de carte qu’au niveau de son code qui est open-source. Pas besoin de compte ou de token de connexion, ni de fond de carte hébergé ailleurs : MapLibre permet d’intégrer n’importe quel fond de carte sous différents formats et donc de choisir l’hébergeur. 

Le fond de carte

L’IGN (Institut national de l'information géographique et forestière) propose différents fonds de cartes hébergés sur ses serveurs, ainsi que des tutoriels pour les modifier et les intégrer à un projet de cartographie. Grâce au site Maputnik, nous avons pu utiliser un fond de carte « classique » et le modifier pour faire ressortir les attributs géographiques qui nous intéressaient.

De cette manière, MapLibre va chercher les fonctions natives des cartes IGN directement sur le service GeoPortail (data.geopf.fr).

A noter, un nouveau système également géré par l’IGN, appelé « Carte Facile », est en cours de développement et pourrait être l’objet de la prochaine mise à jour technique de notre cartographie des entrepôts de données de santé.

Intégration de MapLibre

Pour ce qui est de l’interfaçage de code pour le passage de Mapbox à MapLibre, la demande technique n’est pas particulièrement conséquente. Il est nécessaire de :

• Identifier les appels à la librairie Mapbox dans le code JavaScript ;
• Remplacer tous ces appels par des appels MapLibre, la nomenclature est quasi-identique ;
• Faire de même pour les feuilles de style en cascade (CSS) ;
• Remplacer le lien de la carte Mapbox vers le lien de la nouvelle carte : nous avons, par exemple, décidé de l’héberger directement sur nos serveurs. 

Le coût temporel de cette transition n’est donc pas très élevé (quelques heures pour un profil confirmé), et permet même un nombre de connexion illimité, en fonction du fond de carte sélectionné. Cependant, le changement induit d’autres taches nécessaires à cette transition, telles que la création et l’adaptation du fond de carte pour correspondre au projet. Dans le cas de notre cartographie, il est plus intéressant d’avoir un fond de carte plutôt « dépouillé » : nous n’avons pas besoin de beaucoup de couches d’informations géographiques. Ces étapes d'ajustement, entrainées par la transition, peuvent donc prendre du temps selon l’objectif poursuivi.